EXTELLAにおけるEXTRA最終戦の状況は以下の通り。
主人公はネロをメインサーヴァント、玉藻の前をサブサーヴァントとして聖杯戦争を勝ち抜いていた。
ただしムーンセル中枢でトワイスと対峙するのは主人公とネロだけ。
何らかのトラブルにより、玉藻の前とは中枢前の通路ではぐれてしまったのだ。
主人公はトワイスとの戦いを経てムーンセル中枢 熾天の檻に入り、ムーンセルと接触。
聖杯（ムーンセル使用権)でSE.RA.PHの在り方を変化させた。
しかしその代償として、ムーンセル中枢に触れた事で主人公は違法データである事が発覚し、デリートされる。
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……ハズだったのが、敗者を例外なく消滅させ、AIたちも抹消する聖杯戦争の形式が変わった事でムーンセルの判断にも変化が生じた。
主人公が望んだものは『役割を果たしたものは消去し、次の役割に作り替える』というSE.RA.PHの運営形式の廃止だった。
役割を果たしたものは、次の役割を探す。
目的のために生存する事と、生存するための目的を探す事を同位とする。
この変更によって主人公には生存の余地が与えられた。
ムーンセルは新たな設定に基づき、今まで独立していたSE.RA.PHを繋ぎはじめ、新たな別天地───情報空間だけで構成される天体の構築に着手。
主人公はSE.RA.PHに送り返され、SE.RA.PHに生きる人間のひとりとしての役割を与えられ、また、期待される事になった。
新SE.RA.PHは旧いルールの消滅と、別の領域との衝突をひっきりなしに繰り返す動乱状態に突入した。
主人公はネロ（と玉藻の前）と共に、広がりだしたSE.RA.PHを見聞しながら、これからの目的、自分の居場所を模索する。
そんな中、ムーンセルは捕食遊星の再接近を予測。
遊星対策としてレガリアシステムを考案し、現在、唯一の人間にして地球側の生命代表として、もう一度主人公をムーンセル中枢に招集する。
主人公はムーンセルから捕食遊星の情報を入手し、SE.RA.PHを守る事を承諾。
レガリアの力でSE.RA.PHの全権を握った主人公はネロの元に一度帰ろうと考えるが、そこにシステム管理者 アルキメデスが現れる。
アルキメデス曰く、事態は一刻を争うとのこと。
ムーンセル内に残った一万四千年前の爪痕 未明領域をレガリアで封印してからサーヴァントに合流してほしい と提案され、主人公はアルキメデスと共にSE.RA.PH最古層 未明領域に足を踏み入れる。
そこで主人公が見たものは───
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