在EXTELLA中，EXTRA最后一战的状况如下：
以尼禄为主力英灵，并以玉藻前为候补英灵的主角在圣杯战争中脱颖而出。
但在Moon Cell中枢和特维斯对峙的只有主角和尼禄。
因为出了一些问题，与玉藻前在中枢前的通道就走散了。
经过和特维斯的战斗，主角进入了Moon Cell中枢的炽天之笼，并与Moon Cell接触。
透过圣杯（Moon Cell的使用权）改变了SE.RA.PH的存在型态。
但触碰Moon Cell的代价是主角身为违规资料的事情被察觉，因而被删除。
⮕接续EXTRA的ED。
……本应如此，但由于毫无例外地消灭落败者并且抹消AI们的圣杯战争形式已被改变，Moon Cell的判断也产生了变化。
主角所期望的是，废止SE.RA.PH原先的营运模式——
“消除已完成职责者，并替换新的职责”。
已完成职责者，就寻找下个职责。
为了目的而生存，与为了生存而寻找目的。
将这两件事变成对等的事情。
这项变更给予了主角生存下去的余地。
Moon Cell在新设定的基础下，连结起过去保持独立的SE.RA.PH，并着手构筑另一个新天地——仅以资讯空间构成的天体。
主角被送回SE.RA.PH，并被赋予了“生活在SE.RA.PH里的人类”这样的职责，也被期待能扮演好这个角色。
旧有规则的消失，以及和其他领域间接连不断的冲突，使新SE.RA.PH进入了动乱状态。
主角和尼禄（以及玉藻前）一起行动，一边游历往外扩张的SE.RA.PH，也一边探索今后的目标与自己的容身之处。
就在这个时候，Moon Cell预测捕食游星将再次接近。
为应付游星而设计出王权系统，并将目前身为唯一一名人类的主角以地球方的生命代表身份，再度招集到Moon Cell中枢。
主角从Moon Cell那里得到了捕食游星的情报，并承诺守护SE.RA.PH。
因王权之力而掌握SE.RA.PH所有权力的主角考虑是否该再次回到尼禄身边，就在此时，系统管理者阿基米德出现了。
阿基米德表示状况已经刻不容缓。
他提议主角先使用王权封印住一万四千年前残留于Moon Cell内的爪痕——未知领域，再和英灵会合。主角于是和阿基米德一同踏入SE.RA.PH最古层的未知领域。
而在那里，主角所见到的是—
⮕接续本篇OP。