在《Apocrypha》，御三家意指发动冬木圣杯战争的魔术师……亦即爱因兹贝伦、远坂与马奇里。
如同本作提及，马奇里（间桐）在第三次圣杯战争之际，与达尼克爆发激烈大战的脏砚在大圣杯遭到夺取的冲击下几乎沦为废人。也由于缺乏后继者，魔术师的家系毫无未来可言。
远坂则放弃了大圣杯，一边学习魔术，同时寻找透过拳法与宇宙化为一体之道。双马尾少女在就读高中之际，差点成为“魔术与中国拳法组合而成的全新武术”的开山祖师。可是万万没想到，被远亲收养的妹妹居然会成为超乎想像的肉弹摔跤手，与直卷发少女组成搭档来到日本……！
爱因兹贝伦则认为“既然被抢走，就再制作新的吧”，因此再度努力制作大圣杯。幸好在《Apocrypha》的世界中，死鱼眼佣兵不再与爱因兹贝伦有关，因此最高杰作依莉雅斯菲尔永远不会诞生──所以只要她不会诞生，爱因兹贝伦就不会绝望……该说幸好吗？
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