魔术协会三大部门之一。门建在埃及阿特拉斯山的炼金术师学院。
是与从中世纪开始成为主流的现代炼金术不同的魔术之祖——解明世界之理的炼金术师们的集团。
与布拉格1的协会关系极其不好，同时也被魔术协会的心脏——时计塔疏远。通称“巨人的穴藏”。
制作出为了回避初代院长所证明的“终末”的兵器，又将其废弃，永远重复着这种行为。
布拉格的炼金术师说：“不要揭开阿特拉斯的封！会毁灭世界七次的。”
因为为拯救世界而做出的兵器，只不过是更加残酷地灼烧星球的道具。
三大部门只是说着好听，其实是独立的头脑集团。极少情况下，也会接受其他协会或是圣堂教会等的请求出借炼金术师。
要借阿特拉斯的炼金术师，需要过去阿特拉斯院发行的“契约书”。回收只发行了七份的这契约书是阿特拉斯院当前的目的什么的。
紫苑所从属的学院，魔术协会三大部门之一。门建在埃及阿特拉斯山的炼金术师学院。作为俗称也被称为“巨人的地窖”。
与从中世纪开始成为主流的现代炼金术不同的、被认为是魔术之祖的炼金术师的集团。与布拉格的协会关系致命性地恶劣，同样也被魔术协会的心脏部门·时计塔疏远着。
不停地制造出为了回避初代院长所证明的“终末”的兵器，又永久地持续着废弃。
曰：别解封阿特拉斯！会毁灭世界七次啊——布拉格的炼金术师之言。为了拯救世界而制造出的兵器，只不过是更加惨烈地焚烧星球的道具。
于埃及的阿特拉斯山脉的魔术师、炼金术师的协会。
“曾经”还行使着机能的魔术协会——其中三大部门的一个，积攒和计量测算的院。
和中世纪开始变为主流的现代炼金术相异，“曾经”是魔术之祖、解明世界的理的炼金术师的集团。
比起说是魔术师，倒不如说是将自身的肉体当做Man Machine使用的异能者们。她们的肉体只不过是让自身的知性能“正确的、强力的、快速的”运作的容纳器皿被使用着。
“人类乃是持有运动机能（五感）的极为稀有的计算装置。收集情报、分析它们、对在这过程中发现的无数问题，能用劳动力直接的进行对应的进化了的知性的生命体便是我们”这些“曾”是他们[炼金术师们]的信条。
这信条的正确性在魔术已经根绝的EXTRA世界奇妙的被证实了。
阿特拉斯院的炼金术师们乃是缺乏着魔术回路、不进行依赖着魔力的活动的人们。
没有依赖着魔力（正确的说，应该是“没求着依赖使用魔力”）的他们即便是在魔力枯竭之后也作为魔术的学徒继续进行着探索。
但是，由于长久以来没能诞生次时代的孩子们，古参的炼金术师们持续着自决死[就是自杀]的缘故，阿特拉斯院即便是和魔力枯竭无关，也最终毁灭了。
阿特拉斯院已经只存在一个人造人而已了。最后的阿特拉斯[应该是最后的一届院长，就是长得很像紫苑那位]在铸造完人造人后病死，在洞窟中仅仅留下了自己最后的作品。
炼金术师们已然消失、仅仅是由未知的技术体系制造的研究设备相连通的古代都市，仿佛巨大的墓碑一般。
位于埃及·阿特拉斯山脉的魔术师·炼金术师协会，魔术协会三大部门之一。人类毁灭的未来已经确定，以哪怕只有一点[可能]，也要将那个的到来进行推迟为目标的组织。如果能得以长久延长其寿命的话，就算人类作为种而变态，退化也在所不辞。同其他的魔术师们不一样，并不把生命向高次阶段进化为目标。
通称，巨人的地窖。
位于埃及阿特拉斯山脉的炼金术师协会。积蓄与测算之院。
魔术协会三大部门的一角，与其说是魔术师，不如说是将自己的肉体作为 Man·machine 进行改造的异能者的集团。
为了规避人类的毁灭而不断制造毁灭人类之武器的自灭机构。该组织的唯一戒律为“自己的研究成果只能对自己公开”。
然而，正如原作中所提及的那样，规避人类毁灭的方法，有相当大的概率会变成毁灭人类之物本身。此乃阿特拉斯院以及其相关人员所持有的，本质性的问题。如同意图抵达根源却无法抵达根源的时钟塔一般，同为魔术协会的炼金术师们，亦背负着无可奈何的宿业。
阿特拉斯院的七大兵器，例如黑色枪身（Black Barrel）和Logos React，以及与之相连的发明创造，都具有同样的性质——这一点不言而喻。
除此之外，不同于时钟塔魔术师，隶属于阿特拉斯院的炼金术师群体几乎没有魔术回路，但是被称作阿特拉斯六源的一部分家系持有“产生仅在自己体内活动之魔力”的特殊体细胞。这种被唤作家传特质的能力，从阿特拉斯院的目的出发，不过是琐碎小事，但这些家族为了“唤醒各自肉体的能力”，正在家族内部推进开发工作。举例而言，诸如艾尔特拉姆家族的灵线神经，作为医疗用途的模拟神经得到了开发，即便不是艾尔特拉姆的族人，只需要限定一部分功能就能加以使用。不过有一点是不会变的——只有艾尔特拉姆的族人才能真正活用这项能力。另外，紫苑·艾尔特拉姆·索卡利斯所持有的，被称作透明体的异能，是何等适合灵线神经，正如作品中描写的那般。
不对，为什么只有六源家族的人拥有这种特殊体细胞呢？阿特拉斯院的起源……。