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魔術協会三大部門の一つ。エジプトはアトラス山に門を構える、錬金術師の学院。
中世から主流となった現代錬金術とは異なる、魔術の祖、世界の理を解明する錬金術師たちの集まり。
プラハの協会とは致命的に仲が悪く、魔術協会の心臓部・時計塔からも煙たがられている。通称、“巨人の穴蔵”。
初代院長が証明してしまった“終末”を回避する為の兵器を未来永劫に作り上げ、廃棄し続けると言われている。
曰く、アトラスの封を解くな。世界を七度滅ぼすぞ―――とはプラハの錬金術師の言。
世界を救う為に作り上げた兵器は、更に慘たらしく星を焼く道具にすぎなかった訳である。
三大部門と聞こえはいいが、実際は独立した頭脳集団。希に、他協会や聖堂教会からの要請で錬金術師を貸し出す事もある。
アトラスの錬金術師を借り受けるには、過去アトラス院が発行した“契約書”が必要となる。七枚しか発行していないこの契約書を回収する事がアトラス院の当面の目的だとか。

シオンが所属していた学院で、魔術協会三大部門の一つ。エジプトはアトラス山に門を構える、錬金術師の学院。俗名として巨人の穴蔵とも。
中世から主流となった現代錬金術とは異なる、魔術の祖と言われる錬金術師の集まり。プラハ協会とは致命的に仲が悪く、魔術協会の心臓部・時計塔からも煙たがられている。
初代院長が証明してしまった“終末”を回避する為の兵器を延々と作り上げ、未来永劫に廃棄し続けている。
曰く、アトラスの封を解くな。世界を七度滅ぼすぞ——とはプラハの錬金術師の言。世界を救う為に作り上げた兵器は、更に惨たらしく星を焼く道具にすぎなかったのだ。

エジプトはアトラス山脈にある魔術師・錬金術師の協会。巨人の穴倉ともいう。
かつて機能していた魔術協会───その三大部門の一つ、蓄積と計測の院。
中世から主流となった現代錬金術とは異なる、魔術の祖、世界の理を解明する錬金術師の集団だった。
魔術師というよりは自身の肉体をマン・マシーンとして扱う異能者たちで、自身の肉体を『正しく、強く、速く』知性を働かせるための容れ物として扱っていた。
人間とは運動機能（五感）をもった類い希なる計算装置である。情報を収集し、解析し、生まれ出る数々の問題に、労働力としてダイレクトに対応できるよう進化した知的生命体が我々人間である、というのが彼らの信条だった。
その正しさは魔術の絶えたEXTRA世界で奇しくも証明された。
アトラスの錬金術師たちは魔術回路が乏しく、魔力に頼った活動をしてこなかった者たちである。
魔力に頼っていなかった（正しくは『頼れなかった』のだが）彼らは魔力枯渇の後でも魔術の徒として探求を続けられた。
しかし長く次代の子供たちが誕生しなくなり、古参の錬金術師たちの自決死が続いていたアトラス院は魔術枯渇とは関係なく滅びようとしている。
アトラス院にはもはや一人のホムンクルスしか存在しない。最後のアトラスはホムンクルスを鋳造した後に病死し、洞窟には最後の作品だけが残された。
錬金術師たちが消え、未知の技術体系によって作られた研究施設だけが連なる地下都市は、さながら巨大な墓標のようだとも。

エジプト・アトラス山脈に在る魔術師・錬金術師の協会で、魔術協会の三大部門のひとつ。人類の滅びの未来を確定されたものとし、その到来を少しでも遅くすることを目的とした組織。長く生き延びられるのならば、人類は種として変態・退行しても構わないと考えている。他の魔術師たちとは違い、生命体として高次の段階への進化を目的としていない。

通称、巨人の穴蔵。
エジプトはアトラス山脈にある錬金術師の協会。蓄積と計測の院。
もとは魔術協会三大部門のひとつだが、魔術師というよりは自身の肉体をマン・マシーンとして扱う異能者たちの集団である。
人類の破滅を回避するために、人類を破滅させる兵器を作り続ける自滅機関。その唯一の戒律は「自己の成した成果は自己にのみ公開する」こと。
ただし、作中で触れていたように、人類の破滅を回避する方法は、かなりの確率で人類を破滅させる方法そのものとなってしまう。これはアトラス院およびアトラス院の関係者が抱える本質的な問題であり、根源に辿り着こうとするがゆえに根源に辿り着けない時計塔のように、同じ魔術協会の彼らもまた、どうしようもない宿業を負ってしまっている。
ブラックバレルやロゴスリアクトなどアトラス院の七兵器や、それに連なる発明品も、同様の性質を持っていることは言うまでもあるまい。
なお、アトラス院に属する錬金術師たちは時計塔と違って、ほぼ魔術回路を持たないが、アトラスの六源と呼ばれる一部家系は「自らの体内のみで動作する魔力を生む」特殊な体細胞を持ち合わせている。家伝特質と呼ばれるこうした能力はアトラス院の目的からすれば瑣末事に過ぎないが、「それぞれの肉体の能力を目覚めさせる」ため、家系の内側で開発が進んでいる。たとえばエルトナム家のエーテライトなどは医療用擬似神経として開発が進み、必ずしもエルトナム家の人間でなくとも一部機能に限定すれば使用可能な域に達しているが、その能力を真に活かせるのは家系の人間のみなのは変わらない。これに加えて、シオン・エルトナム・ソカリスの透明体とも呼ばれた異能が、いかにエーテライトに適していたかは、作中の通り。
いや、そもそもなぜ六源の人間だけが、そんな体細胞を持っているのかというと、アトラス院の始まりが……。